При каждом обновлении пакетов операционной системы (а также при установке новых пакетов), кроме проверок зависимостей, менеджеры пакетов также проверяют, чтобы не было конфликта файлов. То есть пакет, содержащий файлы, которые уже имеются на диске и не принадлежат этому пакету, не будет обновлён или установлен. При обычном обновлении системы (Arch Linux, например) командой sudo pacman -Syu…